İSAR Araştırma Merkezi, faaliyetlerini proje temelli bir yaklaşımla yürütmekte ve nitelikli akademik çalışmalar üretmeyi temel hedef olarak benimsemektedir. Böylece, Türkiye'de ve dünyada ilmî, akademik, kültürel ve kamusal alanlardaki tartışmalara katkı sağlamak ve bu alanlarda yeni sorular ortaya koymayı hedeflemektedir. Merkezde yürütülen projeler iki genel başlık altında toplanmaktadır: tamamen İSAR'ın kendi kaynaklarıyla desteklenen "İSAR Projeleri" ve sadece belirli alanlarda ek destek sağlanan "Desteklenen Projeler".