Çalışma grupları, İSAR Araştırma Merkezi'nin akademik yapısının temelini oluşturur. Merkezde yürütülen bilimsel faaliyetler büyük ölçüde bu gruplar etrafında şekillenir. Çalışma gruplarının öncelikli amacı, derinlikli ve disiplinler arası bilgi üretimi yapabilecek yetkin araştırma ekipleri kurmaktır. Ardından, sosyal bilimler, beşeri bilimler ve İslami ilimler gibi çeşitli alanlarda merkezin misyonuna uygun araştırma projeleri geliştirmek ve uygulamak hedeflenir.